Histórico do local
Os antecedentes do clube remontam a História de outro, o Atlântica Esporte Clube. Este, criado por trabalhadores da loja da cidade “Atlântica Móveis” no dia 8 de julho de 1986 e, profissionalizado desde 1997, em 2000 optou por seguir apenas no amadorismo, cedendo seu espaço na segunda divisão do estadual. Com isso, prontamente Luís Estevão, político da região representante do PMDB e que futuramente teria seu mandato cassado por denúncias de desvio de verba, adquiriu o CNPJ do Atlântida Esporte Clube, tornando o processo menos burocrático, e criou o Brasiliense Futebol Clube, que logo ingressou na competição estadual a partir da vaga cedida. Além do novo nome, novas cores caracterizaram o clube, amarelo, branco e verde, em referência às cores da bandeira do Distrito Federal. Além do empenho de Luiz Estevão para sua fundação, o clube apresenta em seu currículo uma rápida ascensão e a conquista de títulos de destaque em um curto espaço de tempo. Com cinco meses de existência, a equipe conquistou o primeiro título de sua História, proclamando-se campeão de Brasília pela segunda divisão do campeonato.
Em 2001, o Jacaré foi vice-campeão do estadual, garantindo a vaga para a Copa do Brasil, disputada em 2002, em que o time conquistou o vice-campeonato da competição após perder para o Corinthians (SP) sob o placar agregado de 3 a 2. No mesmo ano, venceu o Campeonato Brasileiro pela Série C. Ainda em âmbito nacional, conquistou a série B do Campeonato Brasileiro em 2004, resultado que abriu portas para sua participação na série A de 2005, e, em 2007, encerrou a Copa do Brasil como terceiro colocado.
A participação naquela que é considerada a principal divisão do futebol profissional no Brasil não foi das melhores: com 10 vitórias em 42 jogos, foi o último colocado em um campeonato que sagrou o Corinthians como campeão e que ficou marcado por um escândalo na arbitragem. Uma investigação da Polícia Federal, conhecida como a “Máfia do Apito”, trouxe à tona o envolvimento do árbitro Edílson Pereira de Carvalho com um esquema de manipulação de resultados. Em face disso, por decisão do Superior Tribunal de Justiça Desportiva (então presidido por Luís Zveiter) que foi apoiada pelo Ministério Público, os jogos que contaram com Edílson como árbitro tiveram seus resultados anulados e foram remarcados. Assim, um jogo do Brasiliense contra o Fluminense foi anulado. A diferença em relação ao último time que se manteve na Série A no ano seguinte foi de 10 pontos.
Além do desempenho nas edições de campeonatos nacionais citadas, o Brasiliense conquistou, entre 2004 e 2013, oito títulos do Campeonato Brasiliense; só não se sagrou campeão em 2010, quando foi vice, e em 2012, quarto colocado. No ano de 2021, a equipe venceu a Copa Verde, torneio realizado entre as regiões centro-oeste e norte, em final contra o Remo (PA).
Quanto a jogadores de destaque, pode-se citar: o atacante Wellington Dias (2002-2007), do goleiro Donizete (2002-2006) e do meia-atacante Tiano (2003-2005). O meia Iranildo (2001, 2003 e 2008), tido por alguns torcedores como o maior ídolo, alcançou a marca de 71 gols em 291 jogos.