A boa repercussão da primeira edição da Libertadores fez crescer o número de participantes, alcançando 9 clubes, com as estreias de peruanos e equatorianos. Com este aumento, ocorreu a primeira versão da Pré-Libertadores, que embora tenha sido chamada de rodada preliminar, serviu mesmo para encurtar a aventura do Barcelona de Guayaquil, que perdeu a vaga das quartas de final para o Santa Fé.
Nas quartas, o Olímpia eliminou o Colo-Colo, o Peñarol eliminou o Universitário, o Palmeiras eliminou o Independiente e o Santa Fé despachou o Jorge Wilstermann.
Nas semifinais os brasileiros eliminaram os colombianos, enquanto que na reedição da final de 1960, os uruguaios voltaram a derrotar os paraguaios, desta vez com duas vitórias.
Na final, primeiro jogo no Centenário, que bateu o recorde de público na competição com 70.000 pessoas, o Palmeiras aguentou bem a pressão do Peñarol, mas nos acréscimos, Alberto Spencer, superou a zaga alviverde e marcou o gol da vitória. Apesar da decepção, a vantagem de decidir em casa no jogo de volta deu esperanças à torcida que lotou o Pacaembu com 50.000 torcedores. Mas logo aos 2 minutos de jogo, José Sassía mandou um foguete para o gol defendido por Valdir de Moraes. A bola chegou a furar as redes, o que gerou dúvidas em alguns palmeirense sobre a legitimidade do lance, mas o árbitro argentino José Prauddade confirmou o gol. Sob o comando de Julinho Botelho e Djalma Santos, o Palmeiras retomou o controle do jogo, encurralou os carboneros na defesa e conseguiu empatar aos 25 minutos do segundo tempo com Nardo, de cabeça. Mas a equipe do técnico Roberto Scarone, conseguiu aguentar a pressão e segurar o empate que garantiu o bicampeonato da Libertadores. Uma curiosidade: o Peñarol disputou a competição como campeão uruguaio, já que o regulamento não previa que o campeão da Libertadores de 1960 teria vaga assegurada para a segunda edição.
