A Copa Kaiser foi criada em 1995 por sugestão da empresa de eventos Evidência Promotions. A iniciativa também obteve o apoio da Federação Paulista de Futebol e da Secretaria Municipal de Esportes. De acordo com seus organizadores, a primeira edição do campeonato foi um sucesso.
O número máximo de 160 equipes participantes e um sistema de rebaixamento foram estabelecidos a partir de 1997. A cada ano, as equipes que ficavam na “lanterna” eram rebaixadas para dar acesso a novas equipes na competição. Um torneio de acesso classificatório, realizado ao final de cada temporada, foi criado para preencher as vagas das equipes rebaixadas.
